名侦探柯南原名工藤新一，是一个高中生名侦探，在一次追查一个穿黑衣歹徒行径时，被设计强迫吃下毒药而致身体缩小成一个国小学生模样，为了使自己身体回复原状，计诱歹徒现身找到解药，工藤新一于是开始设法隐藏身份。

有一天他在阿笠博士的家中恰好看到了书架上的江户川乱步 全集，而他爸爸又是柯南道尔的书迷，于是灵感一动，就以江户川柯南之名来掩饰身份。他住进女友小兰家里，想找出那些害他变小的黑衣人，又结识吉田步美等人，组成少年侦探团，并与大坂的高中生侦探服部平次成为好友。后药物设计者与他同样变小的灰员哀也加入进来，至今仍在寻找黑衣组织。